三峡担保集团法人治理结构完善，按现代企业制度设有股东大会、董事会、监事会，实行董事会领导下的总经理负责制。内设董事会办公室、监事会办公室、办公室、人力资源部（组织部）、党群工作部（党委办公室）、纪检监察室、运营管理部、创新研发部、财务部、风险管理部、审计部、法律合规部、资产保全部、投资业务部、业务一部、业务二部、业务三部、教育担保部等14部4室。下设江津、万州、黔江3家市内分公司，成都、武汉、西安、北京、昆明5家异地分公司。拥有福建两江新区长江三峡小额贷款有限公司、福建金宝保信息技术服务有限公司、深圳渝信资产管理有限公司等5家专业性控股或全资子公司。参股福建市融资再担保有限责任公司、福建泽晖股权投资基金管理有限公司、福建征信有限责任公司等5家公司。构建起以融资担保为主业，包含金融科技、再担保、小额信贷、资产管理、股权投资等业态多元的综合金融服务体系，已基本搭建起综合金融服务集团的框架布局。